Podle odhadů se v kostnici pod kostelem sv. Jakuba nachází více než 50 000 kosterních pozůstatků, po pařížských katakombách je tak druhou největší kostnicí v Evropě. V minulosti se na tomto místě nacházel hřbitov, z kapacitních důvodů však vznikla kostnice. Do ní byly také přeneseny ostatky zesnulých ze zrušeného hřbitova na brněnském Petrově. Když byl hřbitov koncem 18. století zrušen, kostnice byla uzavřena a na dlouho zapomenuta. Znovu objevena byla až v roce 2001 při archeologickém průzkumu náměstí. Z antropologických rozborů vyplývá, že jsou zde pochovány oběti středověkých morových a cholerových ran, válečných událostí z doby třicetileté války a švédského obléhání.
Hřbitov u kostela sv. Jakuba na dnešním Jakubském náměstí existoval již na počátku 13. století. Stejně jako další městské hřbitovy byl založen uvnitř hradeb, které bránily pozdějšímu rozšiřování. Kapacita brzy přestávala potřebám rostoucího města stačit, proto byl zaveden výměnný systém pohřbívání: po uplynutí 10 až 12 let od pohřbu byl hrob otevřen, ostatky vyjmuty a na stejné místo byl pohřben další zemřelý. Obsah původních hrobů se pak ukládal do speciálních podzemních objektů – osárií neboli kostnic.
Přímo pod dlažbou svatojakubského kostela byla k těmto účelům pravděpodobně v 17. století zřízena tříkomorová krypta. Zpočátku se zaplňovala zvolna, ale od poloviny 18. století zde začaly vznikat dvě velké pravidelné hranice tvořené ostatky ze zrušených kostelních hrobek. K rychlému zaplňování kostnic docházelo i z důvodů častých morových a cholerových epidemií, které obyvatelstvo města doslova decimovaly. Trvalý nedostatek prostor k ukládání kostí vedl v roce 1741 k rozšíření kostnice. Jako stavebně nejvhodnější se ukázalo rozšíření nové kostnice pod hřbitov a její napojení na kostelní kryptu. Nová kostnice ovšem byla naplněna již za šest let a vedení města začalo jednat o jejím dalším rozšíření propojením do Kaple mrtvých, která stála nedaleko kostela. Spojovací chodba však byla v polovině své délky předčasně ukončena a plánovaný záměr nebyl nikdy uskutečněn.
Po naplnění krypty i kostnice pod hřbitovem bylo vstupní schodiště z hlavní lodi kostela uzavřeno kamennou deskou s latinským nápisem. Josefínské reformy vedly v roce 1784 ke zrušení kostelního hřbitova z hygienických důvodů. Ostatky z hrobů byly uloženy do krypty, hřbitovní zeď byla stržena a prostranství kolem kostela vydlážděno nepotřebnými náhrobky.
Kostnici je možné navštívit celoročně od úterý do neděle od 9.30 do 18 hodin. Prohlídky se konají každých 30 minut ve skupině maximálně po 20 osobách. Více informací o Kostnici u sv. Jakuba najdete na stránkách TIC Brno.